En el conjunto de Villarreal, camiseta barcelona 2023 Jonathan se reencontró con su hermano Giovani dos Santos. El 9 de julio de 2014, FC Barcelona y Villarreal CF acuerdan el traspaso de Jonathan dos Santos al submarino amarillo, a cambio de 2 millones de euros, entre fijos y variables, y la participación del club catalán en una futura venta. Jona jugando con el Villarreal C.F. Es por este motivo que, desde la fundación del club en 1900 hasta 1922, fuese el presidente o bien el jugador con más años en el equipo los que realizaban las tareas del entrenador y, en consecuencia, quienes elaborasen las alineaciones.
